宋徽宗因此认为林灵素有通天彻地之能，封其为神霄祖师。
据说林灵素后来预测京师有灾，建议宋徽宗迁都避难，被蔡京抓住了把柄，说他妄改迁都，妖惑圣聪，改除释教，毁谤大臣。
林灵素听后大笑，知道又是蔡京在作祟，于是招来诸弟子和监宫官吏说：“皇帝前后宣赐给我的物品大约值三百担，自去年用千字文字号封销，记录分明，丝毫未用，可以交回宫中。”
然后，林灵素走出通真宫，离开京城，只带了些衣被，皇帝宣唤他也不回，宋徽宗只好赐他居温州道观。
宣和二年八月，林灵素突然携带上表拜见太守，乞求他上交给皇帝。然后和州官、亲族、邻里诀别：“尘世不可久恋，况且大祸将至，我当尽快辞世。”
在十五日月圆之夜，林灵素命令弟子张如晦说：”我的法门只传授给你，尚有六印九符并六丁妙用神机，全部授予你，世代只传一人，不可轻泄。另有七宝素珠一串，如果皇帝来取，给他便是。你将来当是朝廷全节大忠臣，今日师徒分别，他时神霄宫再会。“遂羽化。
林灵素生前在城南山选好坟址，并告知弟子张如晦：“可挖掘五尺深的墓穴，见到龟蛇便下葬。”
张如晦遵照师命，墓穴挖掘到五尺深，并未见到龟蛇，于是继续挖，直到深不可视，只好下葬。
靖康初年，宋钦宗派使者来温州挖墓，欲取走随葬的宝珠，挖掘很深却找不到棺木踪迹，只见墓穴里乱石纵横，进去的人多半出不来，只好放弃。
但事情发展却如林灵素所料，在他羽化后数年，金兵攻破汴京，俘虏徽钦二帝，酿成靖康之变。
宋行怎么也没想到，靖康之后如此多年，竟然在刺杀赵构之时，见到这传闻已经羽化多年的道门宗师！
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